ตามที่กระทรวงศึกษาธิการ ได้ประกาศกำหนดเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา และได้มีการประกาศในราชกิจจานุเบกษา เมื่อวันที่ 22 กรกฎาคม 2553 สืบเนื่องจากที่ได้มีการแก้ไขเพิ่มเติมพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ (ฉบับที่ 3) พ.ศ. 2553 และพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการกระทรวงศึกษาธิการ (ฉบับที่ 2) พ.ศ. 2553 กำหนดให้มีเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษา และเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา อาศัยอำนาจตามความในมาตรา 5 และมาตรา 37 วรรคสอง แห่งพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ พ.ศ. 2542 ซึ่งแก้ไขเพิ่มเติมโดยพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ (ฉบับที่ 3) พ.ศ. 2553 และมาตรา 8 และมาตรา 33 วรรคสอง แห่งพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการกระทรวงศึกษาธิการ พ.ศ. 2546 ซึ่งแก้ไขเพิ่มเติมโดยพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการกระทรวงศึกษาธิการ (ฉบับที่ 2) พ.ศ. 2553
ตามรัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ โดยคำแนะนำของสภาการศึกษา เมื่อคราวประชุม วันที่ 17 สิงหาคม 2553 ได้ประกาศเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา จำนวน 42 เขต และเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษา จำนวน 183 เขต จังหวัดนราธิวาส เป็นที่ตั้งเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา เขต 15 (นราธิวาส ปัตตานี และยะลา) ซึ่งมีจังหวัดปัตตานีอยู่ในสังกัด
ตามต่อมาได้มีการประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง การกำหนดเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา ประกาศ ณ วันที่ 17 สิงหาคม พ.ศ. 2553 และประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง การกำหนดเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา (ฉบับที่ 2) พ.ศ. 2554 ประกาศ ณ วันที่ 29 กรกฎาคม พ.ศ. 2554 เพื่อบริหารและจัดการการศึกษาขั้นพื้นฐานระดับมัธยมศึกษาให้มีประสิทธิภาพ ประสิทธิผล และเกิดประโยชน์สูงสุดของทางราชการ อาศัยอำนาจตามความในมาตรา 5 แห่งพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ พ.ศ. 2542 ซึ่งแก้ไขเพิ่มเติมโดยพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ (ฉบับที่ ๒) พ.ศ. 2545 และมาตรา 37 วรรคสอง แห่งพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ พ.ศ. 2542 ซึ่งแก้ไขเพิ่มเติมโดยพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ (ฉบับที่ 3) พ.ศ. 2553 ประกอบกับมาตรา 33 วรรคสอง แห่งพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการ กระทรวงศึกษาธิการ พ.ศ. 2546 ซึ่งแก้ไขเพิ่มเติมโดยพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการ กระทรวงศึกษาธิการ (ฉบับที่ 2) พ.ศ. 2553 และรัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการโดยคำแนะนำของสภาการศึกษาเมื่อคราวประชุมครั้งที่ 2/2561 วันที่ 9 พฤษภาคม พ.ศ. 2561 จึงยกเลิกประกาศ กระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง การกำหนดเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา ประกาศ ณ วันที่ 17 สิงหาคม พ.ศ. 2553 และประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง การกำหนดเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา (ฉบับที่ 2) พ.ศ. 2554 ประกาศ ณ วันที่ 29 กรกฎาคม พ.ศ. 2554 และก าหนดเขตพื้นที่การศึกษา มัธยมศึกษา และที่ตั้งของส านักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา จำนวน 62 เขต ซึ่งกำหนดให้เขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาปัตตานี ประกอบด้วยท้องที่จังหวัดปัตตานี ให้สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาปัตตานี ตั้งอยู่ที่อำเภอเมืองปัตตานี
ตามสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาปัตตานี มีโรงเรียนมัธยมศึกษาในสังกัด จำนวน 17 โรงเรียน ที่ตั้งสำนักงานตั้งอยู่ ณ เลขที่ 2 ถนนสะบารัง ตำบลสะบารัง อำเภอเมืองปัตตานี จังหวัดปัตตานี 94000 ซึ่งได้รับความอนุเคราะห์ให้ใช้สถานที่จากโรงเรียนเบญจมราชูทิศ จังหวัดปัตตานี มีการแต่งตั้งปฏิบัติหน้าที่ ผู้อำนวยการสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาปัตตานี คือ นายสมพงษ์ สัจจาภรณ์ ผู้อำนวยการโรงเรียนเดชะปัตตนยานุกูล ปฏิบัติหน้าที่ ผู้อำนวยการสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาปัตตานี เป็นท่านแรก ปัจจุบันมีนายสุรศักดิ์ เกลี้ยงสะอาด รองผู้อำนวยการสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาปัตตานี รักษาราชการแทน ผู้อำนวยการสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาปัตตานี